Pondok Pesantren Al Qur’an Zaenuddin merupakan lembaga yang bernaung di bawah Yayasan Zaenuddin. Pesantren ini merupakan lembaga yang terbilang belia. Diusianya yang baru menginjak tahun ke tujuh, Pondok Pesantren al-Qur’an Zaenuddin lahir dengan dibidani oleh seorang Wakif yang bekerjasama dengan praktisi pendidikan, tokoh masyarakat, ulama, umaroh serta melibatkan masyarakat sekitar dalam berbagai disiplin keahlian. Diilhami seorang Wakif yang sangat gandrung kepada generasi muda Qur’ani, maka terwujudlah cita-cita tersebut. Yaitu cita-cita mewujudkan tunas Islam yang hafal lafadznya, memahami maknanya, dan mengamalkan isi kandungannya dalam kehidupan sehari-hari. Menggunakan nama Zaenuddin sebagai nama Pondok Pesantren, karena terinspirasi pada Ayahanda Drs H.Bahroji MM, H.Zaenuddin ( Almarhum Al Maghfurllah ) untuk mengenang jasa beliau yang telah berhasil mendidik putra putrinya menjadi manusia yang peduli terhadap Islam.

Pondok Pesantren Al Qur’an Zaenuddin terletak di jalur Nasional pantai utara pulau Jawa (Pantura). Tepatnya di Dusun Pengasinan Desa Maribaya Kramat Kabupaten Tegal atau 8 KM ke arah timur dari Pusat Kota Tegal. Letak yang sangat strategis ini, mendukung akses Pesantren sehingga mudah dijangkau dari arah manapun. Berdiri di atas lahan kurang lebih seluas dua hektare, Pondok Pesantren Zaenuddin bertekat mencetak santri handal, berdaya saing, menjunjung tinggi kearifan budaya lokal dan bersaing dalam dunia global. Oleh karena itu, Pondok Pesantren Zaenuddin terus berbenah.

Dengan didukung sisa tanah yang cukup, Pondok Pesantren Al Qur’an Zaenuddin ke depan diharapkan mampu menjadi pionir Pesantren Al Qur’an terdepan di wilayah Jawa Tengah bagian barat. Tentunya dengan terus mengembangkan inofasi, tampilan, in put dan out put. Selain tuntutan kebutuhan masyarakat akan pendidikan Al Qur’an, mengharuskan Pondok Pesantren Zaenuddin lebih terpacu dalam peningkatan mutu dan kualitas lulusan. Oleh kare naitu, penataan internal organisasi terus dilakukan guna mewujudkan cita-cita luhur menjadi Pesantren Tahfidhul Qur’an yang menjadi harapan bersama.