Ekstrakurikuler PMR (Palang Merah Remaja) merupakan salah satu ekstrakurikuler yang diminati oleh santri di SMP Al-Qur’an Zaenuddin. Ekskul PMR berfokus pada materi tentang kesehatan, pengetahuan dasar obat-obatan, pertolongan pertama, dan penanggulangan pada gawat darurat. Melalui ekskul ini, para santri dilatih untuk memiliki kepekaan terhadap lingkungan sekitar terutama yang berkaitan dengan penanganan apabila ada orang yang sakit dan membutuhkan pertolongan pertama.

Selain itu, ekskul PMR mengajarkan para anggotanya untuk menanamkan perilaku hidup sehat dan bersih. Pentingnya menjaga kesehatan dan kebersihan lingkungan sekolah maupun lingkungan pondok pesantren tentu saja dimulai dari diri santri masing-masing. Dalah satu tugas dan misi anggota ekskul PMR adalah menjadi motivator dan contoh yang baik bagi santi lainnya dalam menjalani pola hidup sehat dan bersih.

Ekskul PMR juga memiliki program kerja yang berhubungan dengan kegiatan sosial seperti bakti sosial, penggalangan dana kemanusiaan bagi korban bencana dan sebagainya. Ada banyak sekali manfaat yang akan didapatkan melalui ekskul PMR, selain menambah wawasan tentang dunia kesehatan para santri juga dilatih untuk memiliki jiwa tolong menolong dan kepedulian yang tinggi terhadap orang lain.