Pembelajaran yang terlaksana di SMK Al-Qur’an Zaenuddin dirancang sedemikian rupa untuk melatih santri menjadi mahir khususnya dalam bidang komputer. Sesuai dengan jurusan mereka yaitu Rekayasa Perangkat Lunak (RPL) dan Multimedia (MM), tak heran jika proses belajar mengajar yang ada lebih banyak di laboratorium (Lab.) komputer.

Laboratorium komputer yang dimiliki SMK Al-Qur’an Zaenuddin sejumlah 2 ruang, Lab. Komputer RPL dan Lab. Komputer MM. Sehingga masing-masing santri dapat belajar dengan maksimal sesuai bidang mereka masing-masing. Harapannya para santri setelah mengemban ilmu di SMK Al-Qur’an Zaenuddin, dapat menjadi generasi muda yang cerdas, kreatif, serta yang terpenting adalah menjadi generasi muda yang memiliki akhlak mulia dan bermanfaat bagi masyarakat.