Pembelajaran disekolah tidak terbatas hanya dilaksanakan di ruang kelas, seperti pembelajaran IPA yang kerap kali dilakukan di Laboratorium IPA SMP Al Qur’an Zaenuddin. Laboratorium merupakan tempat guru dan santri melakukan percobaan dan penelitian IPA untuk memperolah pemahaman yang mendalam sekaligus membuktikan materi IPA yang telah dipelajari di kelas.

Tentu hal ini dapat menjadi variasi yang menarik bagi para santri. Apalagi dengan fasilitas laboratorium IPA SMP Al Qur’an Zaenuddin yang semakin hari semakin baik. Untuk menunjang kegiatan pembelajaran di laboratorium IPA terdapat sejumlah perlengkapan seperti :

1. Meja dan kursi kerja siswa serta guru
2. Rak penyimpanan alat dan bahan praktikum
3. Alat peraga pendidikan, bahan kimia, serta instrumen kegiatan praktikum
4. Perkakas alat kerja seperti, pisau, gunting, serta peralatan kerja lainnya
5. Kotak P3K serta alat pembersih
6. Kumpulan buku referensi penunjang kegiatan di laboratorium

Fasilitas di laboratorium IPA tentu saja menjadi prioritas utama dalam menunjang proses pembelajaran bagi para santri, agar mereka mendapatkan pengalaman belajar tidak hanya teori namun juga praktik secara langsung.